税理士の賢い選び方

公開日：2024.05.20

更新日：2024.10.21

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医療法人化のメリット・デメリットは？医療法人化すべきタイミングや法人化までの流れを解説！

医院経営が軌道に乗り、ある程度の売上になってきたら「医療法人化」を検討し始める院長先生も多いのではないでしょうか。

医療法人化は、いつでも申請・設立できるわけではありません。各都道府県別に年に2回申請の期間があり、それを逃すと次の申請期間までは法人化ができません。

そこで本記事では、医療法人化を検討される院長先生の皆様が、適切なタイミングで法人化ができるよう、医療法人化のメリットとデメリット、法人化すべきタイミングや法人化までの流れについて解説していきます。

医療法人化を検討している院長先生は、ぜひ参考にしてみてください。

医療法人とは

医療法人の定義

医療法人とは、医療法に基づき、都道府県知事の許可を受け、医師や歯科医が常勤する病院や診療所、介護老人保健施設などを設立する組織をいいます。

医療法人は、”自主的にその運営基盤の強化を図るとともに、その提供する医療の質の向上及びその運営の透明性の確保を図り、その地域における医療の重要な担い手としての役割を積極的に果たすよう努めなければならない”と医療法第40条の2で示されています。

医療法人化とは、開業医が個人クリニックで行っていた医療活動を、組織として行うために医療法人を設立することを指します。

医療法人の種類

医療法人は、主に社団医療法人と財団医療法人の2つに分類されます。

社団医療法人は、病院や診療所を設立するために複数の医療関係者が集まって設立される法人で、最も一般的な医療法人です。

一方、財団医療法人は、個人や法人が無償で寄付した財産を使用して設立される法人です。

厚生労働省が発表している「種類別医療法人数の年次推移」によれば、令和5年の医療法人数58,005件中、財団法人は362件（0.6％）、社団法人は57,643件（99.4％）と、ほとんどが社団医療法人となっています。

引用：「種類別医療法人数の年次推移」（厚生労働省）

＜社団医療法人と財団医療法人の主な違い＞

医療法人と個人クリニックの違い

医療法人と個人クリニックの最も基本的な違いは、「事業を行う主体が異なる」という点です。

個人クリニックでは、医師個人である開業医が事業を営み、医師個人が患者との契約や報酬などに直接関与します。そのため、売上から経費を引いた事業所得がそのまま院長先生ご自身の所得になっていました。

一方、医療法人は、個人と法人が分かれており、法人格が事業を主体的に行います。個人と法人の財産も明確に分けられ、医療法人の経営者は役員報酬として法人から給与を受け取ります。

また、医療法人では、複数の分院展開が可能となっているのが特徴です。

今後も医院を成長していきたい、事業を拡大していきたいとお考えの院長先生にはおすすめです。

＜医療法人と個人クリニックの違い＞

医療法人化６つのメリット

ここでは、医療法人化のメリットについて解説します。

医療法人化のメリットには、代表的なものが6つ挙げられます。

メリット１：個人事業に比べ節税効果が期待できる

医療法人化の最大の利点は、個人開業医と比較して節税効果が高いことです。

一定の事業所得がある開業医の場合、医療法人化することで支払うべき税金が低くなるケースが多くあります。

それは、医療法人化をすると、所得税から法人税に変わるためです。

開業医では、売上から経費を差し引いた事業所得に対して、最大税率45%の「所得税」が課されます。

所得税は累進課税制度を採用しているため、所得金額が高くなるほど税率も高くなり、納税額も増えます。

(出所：国税庁 所得税の税率)

また、所得税だけではなく、課税所得に対して10%の税率で住民税も発生します。そのため、所得が4,000万円以上ある場合、税率は55%にも上ります。

しかし、医療法人化すると、法人税が適用されるため、法人にかけられる税率は以下のように変化します。

(出所：国税庁 法人税の税率)

例えば、年間の事業所得が1,800万円だった場合、開業医では個人所得として税率40%が適用されます。医療法人化した場合、法人税が適用されて税率は、800万円以下は15％、800万以上は23.2％となります。

実際には、開業医の場合は社会保険診療報酬の「概算経費」を活用できる場合や、医療法人化すると雇用保険や健康保険などの社会保険負担が発生するなど、比較において考慮すべき要素は他にもありますが、一般的には事業所得にかかる税金は安く抑えることができます。

さらに、医療法人化して報酬を給与として受けることで、給与所得控除の活用や役員をしている家族への報酬分散による一定の節税効果が期待できます。

メリット２：分院展開や介護事業などの運営ができるようになる 

個人事業主である開業医の場合、診療所は1ヶ所のみに限られるのに対し、医療法人では分院の設立や、介護事業などの展開が可能です。

定款の変更や各行政の厳しい手続きをクリアする必要はありますが、複数院を展開することができるようになります。

また、本来業務として介護老人保健施設および介護医療院の運営ができるようになるほか、医療法第42条に規定されている「附帯業務」や「附随業務」もできるようになります。

＜附帯業務＞

附帯業務を行なうためには定款変更手続きが必要となるほか、各都道府県知事から認可をもらわなければなりません。

また、「本来業務」である病院、医師若しくは歯科医師が常時勤務する診療所、介護老人保健施設を行わず「附帯業務」のみを行う医療法人を設立することは医療法の趣旨に反するため、認められません。

＜附随業務＞

開設する病院等の業務の一部として又はこれに附随して行われるもので、定款の変更は必要ありません。

・病院に通院・入院する患者もしくはその家族のために、その病院等の敷地内で行われる駐車場業や施設内で行われる売店の営業、自販機の設置など

　※施設外の法人所有の遊休資産を用いて行われる事業は附随業務に含まれない

・病院に通院・入院する患者の無料送迎など

このように、医療業務を主として行いながらより良い地域医療を提供するための事業を拡げることができます。

メリット３：社会的信用性の向上により、資金調達の幅が広がる可能性がある

医療法人の設立には、都道府県知事からの厳格な審査が必要であり、個人資産と法人資産の明確な分離を求められることから、社会的信用性が向上します。

開業医としての信用性が向上し、金融機関からの融資を受けやすくなります。

最新の医療機器の購入や機器の入れ替え、施設のバリアフリー化など、より良い医療サービスを提供するための設備投資を行っていく際、診療報酬だけでは資金繰りに限界があります。

その際、医療法人であれば、多様な方法で資金調達ができる可能性が高くなります。

メリット４：優秀な人材の採用・定着が可能になる

医療法人化のメリットの一つとして、優秀な人材の採用・定着が挙げられます。

一般企業においても、大手は社会的信用が高く、優秀な人材が集まりやすい傾向にあるのと同様に、医療業界においても、医療法人化により社会的な信用が向上し、個人クリニックと比較して、優れた人材を集めやすくなります。

さらに、医療法人化すると事業の拡大や分院展開、介護事業への進出も可能になることから、配置転換がしやすくなります。様々な部署や分院があることで、優秀な人材の適性やライフスタイルに合わせることや社内の人間関係トラブルをフォローすることが可能になります。個人医院であれば、職場に合わなければ退職の選択肢しかありませんでしたが、事業を拡大していくことで、スタッフにも様々な選択肢を用意することができるようになります。

その結果、獲得した優秀な人材の定着に繋がります。

メリット５：退職金を受け取れる

退職金は、他の所得に比べると優遇されている収入の一つですが、個人事業主では退職金は認められていません。小規模企業共済などに加入していない限り受け取ることができませんが、医療法人化すると、退職金を受け取ることができます。

受け取れる退職金は2種類あり、通常の退職時には「退職慰労金、特別功労金」を、死亡退職時には「死亡退職慰労金、弔慰金、特別功労金」を受け取ることができます。

役員退職金規定を設け、既定の範囲内で支払うと、法人の経費として参入できるため、法人にも節税のメリットがあります。

＜受け取れる退職金の種類＞

事業承継がスムーズになる

2007年4月に実施された第五次医療法改正以降、出資持分無しの医療法人のみ設立できることとなりました。持分なしの医療法人化では、事業の継承がスムーズに行えます。理事長の変更だけで事業を引き継ぐことが可能です。また、個人クリニックや持分ありの医療法人を事業承継する場合、多額の相続税がかかってしまいますが、持分なしの医療法人の場合、法人の資産が増加しても持分がないため、相続税や贈与税のリスクがありません。

将来的に事業を子どもに引き継ぐ予定がある場合は、医療法人化して事業継承や相続の対策を検討することが賢明です。

2007年以前に設立された持分ありの医療法人を事業承継する場合は、出資持分の譲渡や払い戻しが必要となります。出資持分の評価額が過大になり、苦労するケースが多い為、利益の圧縮や設備投資など評価額を下げる、持分なし医療法人へ移行するなど対策が必要になります。

これから医療法人を設立される方は持分なしの医療法人になりますが、参考情報として頭に入れておくとよいでしょう。

医療法人化の３つのデメリット

ここでは、医療法人化のデメリットについて解説します。医療法人化のデメリットには、代表的なものが3つ挙げられます。以下で詳しく説明していきます。

医療法人化の行政手続きが煩雑、かつ法人化できる期間が年に2回決まっている

後程、「医療法人を立ち上げて診療開始するまでの主な流れ」でも述べますが、医療法人化の手続きは、非常に煩雑で時間がかかります。事前審査の申込～開設まで6～9ヶ月かかる長期戦です。

必要書類の提出だけでなく、説明会への参加や法人定款の作成、自治体での面談や保健所や法務局、厚生局での手続きが必要となってきます。

また、意外と知られていないのが、医療法人化はいつでもできるわけではないことです。年に２回しか申請できません。（各自治体によって異なります）

例えば、東京都であれば、令和5年度の医療法人設立スケジュールは下記のようになっています。

――――――――――――――――――――――――――――――――――――

＜第 1 回 ＞

　・申請書の受付期間：令和5年8月21日（月曜日）から

　　　　　　　　　　　　　　　令和5年8月25日（金曜日）まで　郵送必着

　・医療審議会の開催：令和6年2月初旬

　・認可書の交付　　：令和6年2月下旬

――――――――――――――――――――――――――――――――――――

＜第2回＞

・申請書の受付期間：令和6年3月13日（水曜日）から

　　　　　　　　　　　　　　令和6年3月19日（火曜日）まで　郵送必着

・医療審議会の開催：令和6年8月初旬

　認可書の交付　　：令和6年8月下旬

――――――――――――――――――――――――――――――――――――

非常に限られた期間の間に申請書を提出しなければならないため、ご自身の自治体の申請スケジュールを把握し、計画的に進めましょう。

社会保険への加入義務が生じる

医療法人化すると、社会保険や厚生年金への加入が必須になります。社会保険には、健康保険・介護保険、厚生年金保険、労災保険、雇用保険が挙げられます。これらの社会保険料は、給与の約30％が掛け金となっており、そこから法人と従業員が折半して負担します。

例えば、月額給与50万円の場合、社会保険料は15万円、そこから半分を負担する為、法人は7.5万円増となります。医療法人にとっては従業員ごとに社会保険料の負担が増えます。

ただし、医師会に加入されている先生の場合、所定の手続きを行なえば医療法人化後も医師国保を継続することができます。医師国保の方が、保険料が割安になる場合が多い為、選択肢の一つとして検討するとよいでしょう。

法人資産を経営者が自由に利用できなくなる

医療法人化すると、個人と法人の資産が明確に区分されます。

経営と所有が分離されるため、たとえ経営者であっても資金を自由に使うことはできなくなります。

医療法人化を検討すべきタイミング

医療法人化を検討すべきタイミングには、代表的なものが3つ挙げられます。

以下で詳しく説明していきます。

年間の所得が1,800万円を超える時

開業医としての年間事業所得が1,800万円を超えている場合、医療法人化によって税金を節約できる可能性があります。開業医の事業所得にかかる税金と医療法人化後の給与所得者としての納税額を比較すると、医療法人化した方が少なくなる傾向にあります。

例えば、年間事業所得が1,800万円であるケースと同じ金額を医療法人として給与として得るケースでは、納税額には大きな違いが生じます。税金を節約したい場合は、年間所得が1,800万円を超える辺りを目安に、医療法人化を検討することが効果的です。

社会保険診療報酬が5,000万円を超える、もしくは自由診療報酬も含めた報酬が7,000万円を超える時

社会保険診療報酬が5,000万円を超える場合や自由診療報酬を含めた報酬が7,000万円を超える時も、医療法人化を検討すべきタイミングの一つでしょう。

これらの診療報酬額を超えると、個人の開業医に認められている「概算経費」という特例措置が使えなくなるためです。

概算経費とは、個人事業主が経費計算の事務作業に煩わされないように導入されている経費の計算方法で、実際に使った経費ではなく、社会保険診療額別に一定の概算経費計上ができる特例措置です。

これまでは概算経費を活用することで、実際の経費よりも多めに経費を計上し、課税額を抑えることができました。

例えば年間の社会保険診療が4,800万円、その保険診療に関わる実際の経費が2,000万円だった場合、実際の経費では、4800万円（売上）―2,000万円（経費）＝2,800万円が所得となって税金がかかってしいますが、

概算経費で計算すると、4,800万円×57%＋490万円＝3,226万円（概算経費）

4,800万円（売上）―3,226万円（概算経費）＝1,574万円を所得とすることができました。

しかし、概算経費は「社会保険診療報酬が5,000万円以下」かつ「社会保険診療と自由診療報酬を合わせた報酬が7,000万円以下」が適用条件になっているため、これらの金額を超えてくると適用できません。

社会保険診療額の金額も、医療法人化を検討するタイミングの一つと言えるでしょう。

事業拡大を検討している時

分院展開や介護施設の運営など事業の拡大を検討している時も医療法人化のタイミングの１つです。

個人クリニックでは、冒頭でもお伝えした通り、1か所でしか病院を運営できません。更なる地域医療への貢献、事業展開を検討している時も検討すべきタイミングの一つでしょう。

医療機器の償却期間が終わる開業７年目を迎える時

開業時に導入した医療機器は、通常償却期間が6年と定められています。この期間内は毎年の経費計上が可能ですが、7年目以降は経費計上ができなくなります。

例えば、開業時に2,400万円の医療機器を購入していた場合、毎年400万円減価償却費として経費計上ができましたが、7年目以降は減価償却費が0になります。その分、経費が大幅に減少し、収益が増加するため、課税対象額も上がります。

そのため、医療機器の償却期間内に医療法人化することも検討すべきタイミングと言えます。

事業継承を検討している

事業を後継者に引き継ぐ予定がある場合、医療法人化は検討すべきタイミングでしょう。将来的に医療法人化する場合、持分のない医療法人となるため、事業を引き継ぐ際には理事長を交代するだけで簡単に承継ができます。

どのタイミングで医療法人化すべきかは、税理士によっては数値で細かくシミュレーションをしてもらえます。これまであまり検討したことがなかった方も、ぜひ一度医療法人化のシミュレーションをしてみて、自院にあった法人化のタイミングを検討するのもよいでしょう。

医療法人を立ち上げて診療開始するまでの主な流れ

ここでは、医療法人化に向けた流れについて解説します。

実際に手続きを行うには、各自治体が定めるスケジュールに従う必要があります。

基本的に院長先生のみで進めることは難しい為、医療法人化に詳しい税理士や代行業者に相談しましょう。

①医療法人化に向けたシミュレーションを行う

医療法人に詳しい税理士であれば、医療法人化に向けたシミュレーションを実施してくれます。

法人設立後、税額が手元の資金がいくら変わるのかを、数値で出してもらうことで、医療法人化した方が

良いのか、まだ自分達には必要がないか、客観的に判断ができます。

これまで述べたように医療法人化には様々なメリットがある一方で、勿論デメリットも存在します。

法人化すべきタイミングを誤らないよう、医療法人に詳しい税理士にまずは相談しましょう。

②医療法人化に向けた申請期日やスケジュールの確認

冒頭でも述べた通り、医療法人化は申請の期間が年2回と決められています。そのタイミングに合わせて、医療法人化の準備ができるよう、自分の自治体の申請期日をまず確認しましょう。

医療法人に詳しい税理士であれば、シミュレーションの段階で該当自治体のスケジュールを教えてくれることもあります。

③医療法人化設立に向けたパートナーを決める

医療法人設立の認可手続きは、行政書士のみができると法律で決められています。しかし、税理士でも行政書士法により、行政書士登録をすることができます。そのため、医療法人に強い税理士事務所では税務から医療法人設立までまとめて依頼することが可能です。

行政書士の資格者がいないケースでも、医療系の顧問先を多く持つ税理士事務所であれば専門の行政書士事務所と提携し、１つの窓口で医療法人設立までをサポートいただけるケースも少なくありません。

もし、今の顧問税理士が医療法人に詳しくない場合は、医療法人化に強い税理士事務所・行政書士事務所を探してパートナーとするのも１つでしょう。

④医療法人化に向けた必要書類の収集・書類の作成

医療法人化までのスケジュールを把握し、パートナーを決めたら、続いて行うことは医療法人化に向けた書類作成です。

医療法人を立ち上げるには、多くの文書が必要です。医療法人設立に必要な文書一式は、各都道府県が配布する設立の手引きなどで確認できますが、これらを1人で進めることは非常に困難なため、税理士や行政書士と一緒に確認しながら進めましょう。

以下は主な流れです。

（１）社員・理事・監事の決定

（２）必要書類の作成

　・定款の作成

　・財産目録の作成

　・事業計画の作成

　・収支予算の作成

⑤設立総会の開催

設立時には、設立者が集まり、意見を述べて決議する必要があります。ここでの決議事項や内容は、議事録に残し、「設立総会議事録」として設立認可申請書に添付します。決議すべき項目は次の通りです。

・医療法人設立の目的を承認すること

・社員を確認すること

・定款を承認すること

・基金の拠出と設立時の財産目録を承認すること

・役員や管理者を選任すること

・設立代表者を選任すること

・診療所の土地や建物を賃借する契約を承認すること

・リース契約の引継ぎを承認すること

・会計年度や初年度の事業計画と収支予算を承認すること

・その他必要な事項

⑥設立認可申請書の提出・設立認可申請

設立認可申請書は様式に従って作成します。様式は、各自治体のホームページで公開されていますので、そちらからダウンロードして作成します。また、各自治体が指定する仮申請に必要な書類一式も準備し、期日に遅れることなく提出するようにしてください。なお、仮申請書類は返却されないため、各種書類は原本ではなく写しを提出するようにしてください。

⑦医療審議会への諮問と設立認可書交付

医療法人設立の仮申請から事前協議を経て完成した認可申請書類は、本申請で受付されると、医療審議会の調査審議を受けます。

医療審議会は、都道府県に設置される諮問機関であり、医療法に定められた事項や知事の諮問に応じ、医療の提供に関する重要事項の調査審議を行います。

医療審議会が、医療法人の設立認可申請に対して調査審議をした結果、「認可に特に問題無し」との答申をすると、申請先の都道府県から、知事の名で医療法人設立認可書が送付されます。

⑧法人設立登記

医療法人の設立認可を得た後、医療法人設立の登記申請書類を作成し、2週間以内に所管の法務局（登記所）で医療法人の設立登記を行わなければなりません。

医療法人が行う主な設立登記事項は以下の通りです。

・法人の名称

・事務所の所在地

・法人成立の年月日

・法人の目的等

・法人の資産の総額

・存立期間または解散の事由が定められた場合は、その時期または事由

また、以下の項目に該当する場合、変更登記が必要となります。「資産総額の変更登記」は毎年必ず行い、「理事長の変更登記」は任期満了による理事長改選のある年（通常は2年に一度）に必ず行います。

・資産総額の変更（毎事業年度の決算後、医療法人の資産総額を登記する）

・理事長の変更（名前や住所、任期満了に伴う改選を経て再任された場合も変更が必要）

・定款（寄付行為）変更認可を受けた登記事項の変更

・事務所所在地の変更

⑨個人から法人への名義変更

医療法人化に際して、医療施設の資産や施設名義が個人から法人名義に変更されます。具体的には、医療施設の土地、建物、および設備の所有者が個人から法人に移ります。これに伴い、登記手続きや関連する法的手続きが必要に応じて行われます。

⑩保健所にて使用許可申請と開設許可申請

診療所の使用許可申請は、有床診療所を開設する際に必要な手続きであり、都道府県からの許可を受けることが不可欠です。この許可を得ることなくして、患者を入院させることはできません。

無床診療所の場合は「開設許可申請」だけで済みますが、有床診療所を開設する場合は診療所の使用許可も必要です。そのため、「使用許可申請」と「開設許可申請」を同時に行います。

診療所が開設されると、開設後10日以内に都道府県に「開設届」を提出する必要があります。ただし、有床診療所の場合は、診療所の開設届を提出する前に、使用許可（医療法人の場合は開設許可も含む）を取得する必要があります。

⑪診療所開設届と個人診療所廃止届

個人経営の診療所が医療法人化する際には、従来の診療所を廃止し、医療法人としての医療施設を新たに開設する手続きが必要となります。

⑫保険医療機関指定申請

医療法人としての医療施設を新たに開設するにあたり、個人診療所時代に受けていた保険医療機関指定や、基本診療科や特定診療科の施設基準などの指定を再度受け直す必要があります。また、生活保護法や難病指定医療機関の指定申請も必要に応じて同時に行います。

⑬諸官庁への届出

医療法人を設立した後は、税務関連の手続きとして、法人としての事業を開始することを税務署と各都道府県税事務所に届け出る必要があります。

まとめ

本記事では、医療法人化のメリットとデメリット、法人化すべきタイミングや流れについて解説しました。

医療法人化は、適切なタイミングで行うと節税効果やスムーズな事業承継、事業拡大の後押しになります。一方で、デメリットもあるため、まずは医療法人化のシミュレーションを行い、判断することが重要です。また、医療法人化に向けた手続きは非常に煩雑であるため、外部パートナーを上手く活用してすすめましょう。

税理士に依っては、医療法人化支援をしたことがないというケースもあり、スケジュールが遅延してしまうこともあります。

一方で、医療法人化支援のノウハウを豊富に持っている税理士であれば、医療法人化に向けた数値シミュレーションから設立までのサポートを一貫してサポートしてもらえます。

船井総合研究所・税理士セレクションでは医療法人に強い優良税理士事務所のご紹介が可能です。

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